Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian

Patogenne mutacje w czerniaku zostały w dużej mierze skatalogowane; jednak kolejność ich występowania nie jest znana. Metody
Sekwencjonowaliśmy 293 genów istotnych dla raka w 150 obszarach 37 pierwotnych czerniaków i ich sąsiadujących zmianach prekursorowych. Spektrum histopatologiczne tych obszarów obejmowało jednoznacznie łagodne zmiany chorobowe, zmiany pośrednie oraz śródnabłonkowe lub inwazyjne czerniaki.
Wyniki
Zmiany prekursorowe były inicjowane przez mutacje genów, o których wiadomo, że aktywują szlak kinazy białkowej aktywowany mitogenem. Jednoznacznie łagodne zmiany chorobowe dotyczyły wyłącznie mutacji BRAF V600E, natomiast te sklasyfikowane jako pośrednie zostały wzbogacone o mutacje NRAS i dodatkowe mutacje kierowcy. Łącznie 77% obszarów pośrednich uszkodzeń i czerniaków in situ zawierało mutacje promotora TERT, co wskazuje, że mutacje te są wybrane na nieoczekiwanym wczesnym etapie progresji nowotworowej. Bialleliczna inaktywacja CDKN2A pojawiła się wyłącznie w inwazyjnych czerniakach. Read more „Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian”

Mutacja HABP2 w linii komórkowej wywołująca rodzinnego nieswoistego raka tarczycy cd 5

Zaobserwowaliśmy, że wariant G534E indukował znacznie większą liczbę ognisk i zwiększoną migrację komórkową w porównaniu z typem dzikim (Figura 2C). Ponieważ nie znaleźliśmy zmian w innym allelu HABP2 w tkance nowotworowej, a nasze badania funkcjonalne sugerowały, że HABP2 ma efekt supresji guza, kotransfekowaliśmy równe ilości konstruktów typu dzikiego i mutantów G534E w komórkach NIH-3T3. Stwierdziliśmy większe powstawanie ognisk i migrację komórkową niż w przypadku nadekspresji HABP2 typu dzikiego, co sugeruje, że wariant G534E ma dominujący negatywny efekt supresji guza (Figura 2C). Na koniec, analiza danych TCGA u 423 pacjentów z rakiem brodawkowatym tarczycy wykazała, że 4,7% miało wariant HABP2 G534E, w porównaniu z 0,7% osób z nieznanym stanem chorobowym w wieloetnicznych bazach danych populacji (P <0,001). Sugeruje to, że wariant linii płciowej HABP2 G534E może być genem podatności na dodatkowe przypadki rodzinnego nieswoistego raka tarczycy. Dyskusja
Zidentyfikowaliśmy HABP2 jako gen podatności na raka u dużej rodziny z rodzinnym brodawkowym rakiem tarczycy. Przedstawiliśmy kilka linii dowodów potwierdzających nasze odkrycie, że wariant HABP2 G534E nadaje podatność na rodzinnego raka brodawkowatego tarczycy. Read more „Mutacja HABP2 w linii komórkowej wywołująca rodzinnego nieswoistego raka tarczycy cd 5”

Mutacja HABP2 w linii komórkowej wywołująca rodzinnego nieswoistego raka tarczycy cd..

Analiza immunohistochemiczna wykazała zwiększoną ekspresję białka HABP2 w brodawkowatych raku tarczycy i guzach gruczolaka pęcherzykowego z dotkniętych członków, ale nie było wybarwienia w normalnej tkance tarczycy od tych samych dotkniętych członków (Figura 1H, 1I i 1J). W przeciwieństwie do tego, stwierdziliśmy, że tylko 3 z 12 sporadycznych brodawkowatych raków tarczycy miało słabe wybarwianie białka HABP2 (Figura 1K). Przeanalizowaliśmy także ekspresję HABP2 w matrycowym RNA i stwierdziliśmy, że jest silnie wyrażana w tkance guza, w porównaniu z sąsiadującą prawidłową tkanką tarczycy (Figura 1D). Ekspresję białka HABP2 opisano w 9 z 82 prawidłowych typów tkanek.11 Zatem nadekspresja HABP2 w nowotworach z nośników wariantu G534E sugerowała możliwą rolę patogenu. Sekwencjonowaliśmy regiony kodujące (eksony do 13) HABP2 w DNA krwi obwodowej od wszystkich dotkniętych członków próbek krewnych i nowotworowych DNA od czterech dotkniętych członków. Stwierdziliśmy, że wariant jest heterozygotyczny zarówno w DNA linii zarodkowej, jak i nowotworowej (Figura 1B). Sekwencjonowanie Sanger nie wykryło żadnych innych nieprawidłowości w regionie kodującym HABP2, które sugerowałyby zmianę innego allelu HABP2 w tkance nowotworowej. Read more „Mutacja HABP2 w linii komórkowej wywołująca rodzinnego nieswoistego raka tarczycy cd..”

Mutacja HABP2 w linii komórkowej wywołująca rodzinnego nieswoistego raka tarczycy..

Pacjenci wyrazili pisemną zgodę przed poddaniem ocenie i testom. Badania genetyczne
Przeprowadziliśmy wysokoprzepustowe sekwencjonowanie próbek DNA z krwi obwodowej z rodzinnego po wychwyceniu całego egzomu (szczegóły można znaleźć w Dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu). Sekwencjonowanie Sangera zastosowano do walidacji wariantów zidentyfikowanych przez sekwencjonowanie całego egzomu u dotkniętych i nie dotkniętych chorobą członków rodziny.
Mutageneza i transfrakcje ukierunkowane na miejsce
Wytworzyliśmy rekombinowanego mutanta G534E przez ukierunkowaną mutagenezę komplementarnego DNA typu dzikiego i przeprowadzono transfekcje w celu ustalenia stabilnego raka tarczycy i linii komórkowych HEK293 (szczegóły, patrz Suplement Dodatek). Przeprowadziliśmy eksperymenty knockdown przy użyciu małego interferującego RNA (siRNA) kierującego do HABP2; Transfekcje siRNA przeprowadzono przy użyciu odczynnika do transfekcji Lipofectamine RNAiMAX (Life Technologies), jak opisano w dodatkowym dodatku.
Badania funkcjonalne
Przeprowadziliśmy testy klonogeniczne i migrację komórek przy użyciu ustalonych linii komórkowych typu dzikiego i ekspresjonujących G534E, z przejściowym knockdown HABP2 typu dzikiego. Do testów transformacji komórkowej wykorzystano mysią linię komórkową fibroblastów NIH-3T3. Read more „Mutacja HABP2 w linii komórkowej wywołująca rodzinnego nieswoistego raka tarczycy..”