Obwodowe obwody otyłości FTO i brązowienie adipocytów u ludzi..

Próbka obejmowała również 48 uczestników, którzy byli homozygotyczni pod względem allelu bez markera dla wszystkich trzech z tych wariantów (określanych dalej jako nośniki z allelem nie-ryzykowanym). Pierwotne hodowle komórkowe wykorzystano do przygotowania mitochondrialnego i jądrowego matrycowego RNA, ilościowej analizy ekspresji genów łańcuchowej polimerazy (PCR), testów funkcji mitochondriów i termogenezy, określenia szybkości lipolizy, małego knockdownu z udziałem interferującego RNA, doksycykliny. mediowana nadekspresja oraz edycja genomu CRISPR-Cas9. Ponadto uzyskano całą tkankę tłuszczową i komórki progenitorowe pochodzące z tkanki tłuszczowej, a RNA wyizolowano z drugiej europejskiej grupy nietransgenizowanych uczestników, w tym 12 ciężko otyłych pacjentów (BMI, 35 do 52), którzy przechodzili operację bariatryczną i 22 zdrowych nieobywatelskich uczestników ( BMI, 18 do 28), którzy byli poddawani planowej operacji. Otrzymaliśmy zgodę lokalnych komisji etycznych w Niemczech, Norwegii i Szwecji. Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną zgodę. Projekt badania
Zastosowaliśmy techniki epigenomiki, genomiki porównawczej, genetyki ludzkiej, edycji genomu i ukierunkowanych zakłóceń w próbkach od pacjentów i myszy, aby przeanalizować obwody regulacyjne i mechanistyczne podstawy locus związanego z otyłością FTO. Nasze metody są opisane szczegółowo w sekcji Metody w dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie.
Na podstawie adnotacji epigenomicznych w obrębie 127 typów komórek ludzkich przewidywaliśmy typ komórek, w których prawdopodobnie działał wariant genetyczny, i sprawdziliśmy prognozę za pomocą testów specyficznych dla haplotypów. Przeanalizowaliśmy oddziaływanie chromatyny o dalekim zasięgu w regionie otaczającym FTO w celu zdefiniowania potencjalnych genów docelowych, oraz w celu potwierdzenia celów genetycznych, przeprowadziliśmy analizę ekspresji ilościowej-cechy-miejsca (eQTL) ekspresji w pierwotnych ludzkich adipocytach z nośników alleli ryzyka i allelu bez markera przewoźnicy. Przewidywaliśmy procesy komórkowe dotknięte przez warianty związane z otyłością na podstawie skorelowanej ekspresji z docelowymi genami u wszystkich uczestników i sprawdziliśmy ich genetyczną kontrolę za pomocą analizy trans-eQTL genów bilansu energetycznego (tj. EQTL analiza genów równowagi energetycznej w dużych odległościach genomowych od locus FTO) w adipocytach, jak również poprzez pomiar fenotypów komórkowych w nosicielach ryzyka-allelu i nosicielach alleli niezróżnicowanych. Aby zbadać przyczynową rolę przewidywanych genów docelowych, najpierw zastosowaliśmy knockdown i nadekspresję każdego genu docelowego w pierwotnych ludzkich adipocytach z tłuszczu podskórnego nosicieli ryzyka i nośników alleli bez markera, a następnie fenotypu komórkowego; po drugie, wykorzystaliśmy generację myszy z dominującym negatywnym allelem jednego z docelowych genów eksprymowanych w tkance tłuszczowej, po którym nastąpił fenotyp na poziomie organizmu, pomiary histologiczne i profilowanie ekspresji genów w głównych zapasach tłuszczu; i po trzecie, użyliśmy knockdownu, nadekspresji i nokautu w trzech modelach adipocytów myszy.
Przewidywaliśmy wariant pojedynczego nukleotydu (SNV) odpowiedzialny za rozregulowanie genów docelowych na podstawie ilościowej analizy zachowywania motywów regulatorowych, i wykorzystaliśmy eksperymentalne zmiany przewidywanego nukleotydu przyczynowego w celu potwierdzenia jego związku przyczynowego dla aktywności wzmacniacza i wiązania regulatora
[hasła pokrewne: sztuczne rzęsy, odzież medyczna, Usuwanie blizn ]

Obwodowe obwody otyłości FTO i brązowienie adipocytów u ludzi.

1. Aktywacja supranegeneratora w ludzkich progesteronach adypocytów przez Haplotype ryzyka otyłości FTO.Panel A pokazuje związek genetyczny z indeksem masy ciała (BMI) dla wszystkich popularnych wariantów locus FTO, 14 w tym raportowany wariant pojedynczego nukleotydu (SNV) rs1558902 (czerwony diament) i przewidywany SNV rs1421085 (czerwony kwadrat). Szare cieniowanie wyznacza kolejne 10-kb segmentów. CEU oznacza populację mieszkańców stanu Utah z północnym i zachodnioeuropejskim pochodzeniem oraz brak równowagi powiązań LD. Panel B pokazuje adnotacje stanu chromatyny dla locus w obrębie 127 referencyjnych epigenomów (wierszy) dla komórek i typów tkanek profilowanych w projekcie Epigenomics Project.15,16 Aby uzyskać informacje na temat kolorów używanych do oznaczenia stanów chromatyny, patrz rysunek S1A w dodatkowym dodatku. Pionowe linie wyznaczają kolejne 10-kb segmenty pokazane w Tablicy A. ESC oznacza embrionalne komórki macierzyste, hematopoetyczne komórki macierzyste HSC i indukowane przez iPSC pluripotencjalne komórki macierzyste. (więcej…)

Obwodowe obwody otyłości FTO i brązowienie adipocytów u ludzi

Badania asocjacyjne z genomewidem mogą być wykorzystywane do identyfikacji regionów genomicznych istotnych z punktu widzenia choroby, ale interpretacja danych jest trudna. Region FTO ma najsilniejszy związek genetyczny z otyłością, ale mechaniczna podstawa tego związku pozostaje nieuchwytna. Metody
Przeanalizowaliśmy dane epigenomiczne, aktywność alleliczną, konserwację motywów, ekspresję regulatora i wzorce koekspresji genów, w celu wycięcia obwodów regulacyjnych i mechanistycznej podstawy związku między regionem FTO a otyłością. Potwierdziliśmy nasze przewidywania za pomocą ukierunkowanych zaburzeń w próbkach od pacjentów i myszy oraz endogennej edycji genomu CRISPR-Cas9 w próbkach od pacjentów.
Wyniki
Nasze dane wskazują, że allel FTO związany z otyłością tłumi termogenezę mitochondrialną w komórkach prekursorowych adipocytów w sposób autonomiczny względem tkanki. Wariant pojedynczego nukleotydu rs1101085 T-to-C zakłóca konserwatywny motyw represora ARID5B, co prowadzi do derepresji silnego wzmacniacza preadipocytów i podwojenia ekspresji IRX3 i IRX5 podczas wczesnego różnicowania adipocytów. Powoduje to autonomiczne dla komórki przejście rozwojowe od rozpraszających energię beżowych (brite) adipocytów do białych adipocytów przechowujących energię, z redukcją termogenezy mitochondrialnej o współczynnik 5, jak również wzrostem magazynowania lipidów. (więcej…)

Powiązane tematy z artykułem: long 4 lashes naklejka na legitymację serum do rzęs