Obwodowe obwody otyłości FTO i brązowienie adipocytów u ludzi cd..

Aby przewidzieć regulator wyjściowy, zbadaliśmy dopasowania motywów regulatorowych i poziomy ekspresji regulatorowej w adipocytach od uczestników otyłych i nieobywatelskich; następnie eksperymentalnie sprawdziliśmy jego przyczynowość i epistazę za pomocą haplotypu ryzyka poprzez knockdown i nadekspresję w adipocytach z nosicieli alleli ryzyka i nosicieli alleli bez markera. Na koniec ustaliliśmy autonomię komórkową przewidywanego wariantu kierowcy z użyciem dwukierunkowego edytowania CRISPR-Cas9 w pierwotnych adipocytach od nosicieli ryzyka i nośników alleli bez markera, po którym następuje pomiar ekspresji genu docelowego, poziomy ekspresji energii – geny równowagi i fenotypowe sygnatury komórkowe otyłości u ludzi. Dodatkowe informacje na temat naszych metod znajdują się w protokole (dostępnym na stronie) oraz w dodatkowym dodatku. Wyniki
Wpływ locus FTO na IRX3 i IRX5 w ludzkich komórkach progenitorowych adypocytów
Aby zidentyfikować typy komórek, w których może działać wariant przyczynowy, zbadaliśmy mapy stanu chromatyny15,16 obszaru otyłości FTO w poprzek 127 typów komórek. Niezwykle długi wzmacniacz (12,8 kb) w mezenchymalnych komórkach progenitorowych adipocytów wskazał główne locus regulatorowe (Figura 1B i Fig. S1A, S1B i S1C w Dodatku Uzupełniającym). Testy swoiste dla haplotypu wykazały aktywność związaną z haplotypem ryzyka, który był 2,4 razy większy niż ten związany z haplotypem bez markera w ludzkich adipocytach SGBS (tj. Adipocytach pochodzących od pacjenta z zespołem Simpsona-Golabiego-Behmela), które wskazały kontrola genetyczna aktywności wzmacniacza (rysunek 1C). Wzmacniacze w komórkach mózgowych i innych typach komórek były znacznie krótsze niż te w mezenchymalnych komórkach progenitorowych adipocytów i nie miały aktywności allelicznej (ryc. S1C i S1D w dodatkowym dodatku).
Figura 2. Figura 2. Aktywacja ekspresji IRX3 i IRX5 w ludzkich progesteronach adypocytów przez ryzyko związane z otyłością FTO Genotyp.Panel A pokazuje adnotacje genów i LD z markerem tablicowym rs9930506 w oknie 2,5 Mb; LD jest wyrażane jako wartości r2 w populacji CEU. Strzałki wskazują kierunek transkrypcji przypisanych genów w locus. Panel B pokazuje zależność między interakcjami wychwytywania konformacji chromosomu (Hi-C) w ludzkich miofibroblastach IMR90, 22 ujawniającymi 2 Mb. Topologicznie wiążącą domenę i średnią LD dla statystyki r2 dla wszystkich par SNV przy rozdzielczości 40 kb. Panel C pokazuje wykresy pudełkowe dla poziomów ekspresji, po 2 dniach różnicowania, w ludzkich progenitorach tłuszczowych izolowanych z 20 nosicieli ryzyka-allelu i 18 nosicieli alleli bez markera, ocenianych za pomocą ilościowej analizy reakcji łańcuchowej polimerazy dla wszystkich genów w 2,5-Mb locus. Pozioma linia w każdym polu reprezentuje medianę, góra i dół każdego pola wskazują 75. i 25. percentyl, a I słupki wskazują zakres.
Aby przewidzieć domniemane geny docelowe, zbadaliśmy duże domeny, które miały interakcje trójwymiarowej chromatyny o dalekim zasięgu otaczające FTO i zidentyfikowały osiem genów kandydujących (Figura 2A i 2B). Wśród nich regulatory rozwojowe IRX3 i IRX5 miały ekspresję związaną z genotypem, co wskazywało na kontrolę genetyczną dalekiego zasięgu (1,2-Mb) w preadipocytach pierwotnych (ryc. 2C)
[patrz też: hurtownia torebek, Upadłość transgraniczna, skręcenie stawu skokowego ]

Powiązane tematy z artykułem: hurtownia torebek skręcenie stawu skokowego Upadłość transgraniczna