Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian.

Przykładem tego jest pojęcie znamion dysplastycznych, które pozostało kontrowersyjne15. Wyjaśnienie kolejności zmian genetycznych prowadzących do pierwotnych czerniaków i powiązanie ich pojawienia się z określonymi etapami progresji pierwotnej zmiany chorobowej mogłoby dostarczyć biomarkerów, które poprawiłyby diagnozę i prognostykację, ponieważ takie biomarkery pozwoliłyby określić, jak dalece powstał dany nowotwór melanocytowy. Lepsze zrozumienie ewolucji genetycznej czerniaka może również wyjaśnić istnienie pośrednich uszkodzeń, ponieważ można by przypuszczać, że mają one więcej patogennych mutacji niż zmiany łagodne, ale mniej niż jednoznaczne czerniaki. Metody
Przypadki
Łącznie 37 nagromadzonych w formalinie, zatopionych w parafinie (FFPE) melanocytowych nowotworów, wzbogaconych o czerniaki z histologicznie różnymi prekursorami, zostały pobrane z archiwów Sekcji Dermatopatologii Uniwersytetu Kalifornijskiego w San Francisco; Szpital św. Jana w Londynie; i Szpital Uniwersytecki w Zurychu. W sumie 150 odrębnych obszarów zostało ręcznie zaszczepionych do sekwencjonowania (patrz Dodatek Dodatek 2, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu). Każdy obszar został niezależnie oceniony przez ośmiu dermatopatologów i pogrupowany w jedną z następujących kategorii histologicznych: łagodne, pośrednie, ale prawdopodobnie łagodne, pośrednie, ale prawdopodobnie złośliwe lub czerniak. Do dalszego rozwarstwiania czerniaków zastosowano amerykański wspólny komitet ds. Systemu klasyfikacji nowotworów.
Sekwencjonowanie
Dla każdej próbki przygotowano od 25 do 250 ng DNA do sekwencjonowania przy użyciu zestawu do przygotowywania biblioteki NuGEN Ovation lub Bioo Scientific NEXTflex zgodnie z instrukcjami producenta. Utrwalenie formaliny i mała liczba komórek w wielu przypadkach skutkowały mniejszą złożonością bibliotek sekwencyjnych z wysokimi frakcjami duplikatów, jak opisano wcześniej dla podobnych próbek.16-21 Aby osiągnąć pożądaną głębokość sekwencjonowania unikalnych odczytów, wybraliśmy przeprowadzić ukierunkowane sekwencjonowanie 293 genów nowotworowych (patrz Dodatek 3). Przeanalizowaliśmy również całe egzomy wszystkich próbek mikroskopijnych z dwóch przypadków o najwyższej złożoności biblioteki i nie zidentyfikowano istotnych zmian genetycznych poza śladem 293-genu.
Analiza danych
Sekwencyjne odczyty zostały zmapowane i przygotowane za pomocą Burrows-Wheeler Aligner, Genome Analysis Toolkit i Picard (http://broadinstitute.github.io/picard/). Liczba kopii została wywiedziona za pomocą CNVkit.22 Komórki nowotworowe oszacowano na podstawie częstotliwości alleli wariantowych somatycznych i germinalnych. Drzewa filogenetyczne zostały skonstruowane ręcznie zgodnie z zasadami maksymalnej oszczędności i zostały zakorzenione w stanie linii płciowej. Dodatkowe szczegóły można znaleźć w Dodatku Dodatkowym 1.
Wyniki
Ewolucja genetyczna od prekursorów do czerniaka
Ryc. 1. Rycina 1. Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursora Nevusa (przypadek 31) .Panel A pokazuje skrawki zabarwione hematoksyliną i eozyną skóry normalnej, niejonowej, dwa obszary łagodnego zapalenia i dwa obszary inwazyjnego czerniaka, które były mikrodeksedowane jak wskazano. Panel B pokazuje wykres rozrzutu zmutowanych częstotliwości alleli (MAF) w obszarach nerwowych w porównaniu z obszarami czerniaka
[przypisy: przychodnia vita, przychodnia vita cena, procedury w gabinecie stomatologicznym ]

Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian

Patogenne mutacje w czerniaku zostały w dużej mierze skatalogowane; jednak kolejność ich występowania nie jest znana. Metody
Sekwencjonowaliśmy 293 genów istotnych dla raka w 150 obszarach 37 pierwotnych czerniaków i ich sąsiadujących zmianach prekursorowych. Spektrum histopatologiczne tych obszarów obejmowało jednoznacznie łagodne zmiany chorobowe, zmiany pośrednie oraz śródnabłonkowe lub inwazyjne czerniaki.
Wyniki
Zmiany prekursorowe były inicjowane przez mutacje genów, o których wiadomo, że aktywują szlak kinazy białkowej aktywowany mitogenem. Jednoznacznie łagodne zmiany chorobowe dotyczyły wyłącznie mutacji BRAF V600E, natomiast te sklasyfikowane jako pośrednie zostały wzbogacone o mutacje NRAS i dodatkowe mutacje kierowcy. Łącznie 77% obszarów pośrednich uszkodzeń i czerniaków in situ zawierało mutacje promotora TERT, co wskazuje, że mutacje te są wybrane na nieoczekiwanym wczesnym etapie progresji nowotworowej. Bialleliczna inaktywacja CDKN2A pojawiła się wyłącznie w inwazyjnych czerniakach. (więcej…)

Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian..

Niebieskie linie odpowiadają spodziewanej częstotliwości allelicznej klonalnej mutacji heterozygotycznej po uwzględnieniu zanieczyszczenia komórek zrębowych, z cieniowaniem pokazującym przedziały ufności. W panelu C mapa termiczna przedstawia zmniejszenie liczby kopii (niebieski) i wzrost (czerwony) dla każdej próbki (wierszy) w całym genomie, z zaznaczonymi granicami chromosomów. Wstawiony wykres rozproszenia pokazuje liczbę kopii w bin (szare punkty danych); Segmenty wywoływane przy użyciu algorytmu cyklicznej segmentacji binarnej (CBS) są nakładane na pomarańczowo. Pojemniki zachodzące na CDKN2A oznaczone są kolorem czerwonym. W panelu D odchylenie od oczekiwanego stosunku allelicznego 0,5: 0,5 heterozygotycznych heterozygotycznych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) jest nanoszone na osi y i uporządkowane przez pozycję każdego SNP w genomie na osi x. Strata heterozygotyczności chromosomu 9 (CDKN2A) jest zaznaczona kolorem fioletowym. Jak pokazano w Tablicy E, fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH) i analiza immunohistochemiczna (IHC) dla przeciwciała p16 potwierdziły skokowy spadek CDKN2A w stosunku do sondy kontrolnej i skokowe zmniejszenie p16 przy przejściu do czerniaka. (więcej…)

Powiązane tematy z artykułem: ampułki do sonoforezy bezpłatne leki dla seniorów wyszukiwarka skierowań na leczenie uzdrowiskowe