Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian..

Niebieskie linie odpowiadają spodziewanej częstotliwości allelicznej klonalnej mutacji heterozygotycznej po uwzględnieniu zanieczyszczenia komórek zrębowych, z cieniowaniem pokazującym przedziały ufności. W panelu C mapa termiczna przedstawia zmniejszenie liczby kopii (niebieski) i wzrost (czerwony) dla każdej próbki (wierszy) w całym genomie, z zaznaczonymi granicami chromosomów. Wstawiony wykres rozproszenia pokazuje liczbę kopii w bin (szare punkty danych); Segmenty wywoływane przy użyciu algorytmu cyklicznej segmentacji binarnej (CBS) są nakładane na pomarańczowo. Pojemniki zachodzące na CDKN2A oznaczone są kolorem czerwonym. W panelu D odchylenie od oczekiwanego stosunku allelicznego 0,5: 0,5 heterozygotycznych heterozygotycznych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) jest nanoszone na osi y i uporządkowane przez pozycję każdego SNP w genomie na osi x. Strata heterozygotyczności chromosomu 9 (CDKN2A) jest zaznaczona kolorem fioletowym. Jak pokazano w Tablicy E, fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH) i analiza immunohistochemiczna (IHC) dla przeciwciała p16 potwierdziły skokowy spadek CDKN2A w stosunku do sondy kontrolnej i skokowe zmniejszenie p16 przy przejściu do czerniaka. CEP oznacza sondę do wyliczania centromeru. Panel F pokazuje przewidywaną ewolucję Przypadku 31. Uzyskaliśmy średnią objętość sekwencyjną 281 × dla 150 próbek, co pozwoliło nam zidentyfikować mutacje somatyczne nawet w obecności wysokiego poziomu zanieczyszczenia komórek zrębowych (średnio 64%, zakres od 15 do 90) (dodatek dodatkowy 2 ). Porównaliśmy mutacje i zmiany liczby kopii między mikrodyskietowanymi obszarami, próbując wielu przypadków histologicznie podobnych obszarów, jak replikacje, ilekroć jest to wykonalne. Reprezentatywny przykład pokazano na Figurze 1, w której normalna, niejonowa tkanka była mikrospecyfikowana wraz z dwoma powtórzonymi obszarami nevusa i dwoma powtórzonymi obszarami czerniaka (patrz Fig. Od S1 do S36 w Dodatkowym dodatku dla wszystkich innych przypadków). W przeważającej części, replikaty histologiczne były nierozróżnialne genetycznie i zostały połączone do analizy, jak w przykładowym przypadku (Figura 1), z wyjątkami wskazanymi (np. Przypadek 25, pokazany na Fig. S25 w Dodatku 1).
Dla każdego przypadku, zmutowane częstotliwości alleli wszystkich mutacji somatycznych wykreślono dla prekursorów i nowotworów potomnych (Figura 1B). W pełni klonalne mutacje, które obserwowano zarówno w przypadku nowotworów pierwotnych, jak i potomnych prawdopodobnie pojawiły się wcześnie, a zatem obejmowały mutacje, które inicjowały proliferację nowotworową i były przenoszone do bardziej zaawansowanego stadium lub stadiów. Dlatego nevus w przykładowym przypadku został prawdopodobnie zainicjowany przez mutację BRAF V600E (rysunek 1B). W każdym przypadku mutację, o której wiadomo, że aktywuje szlak sygnalizacji kinazy białkowej aktywowanej mitogenem (MAPK), zazwyczaj w BRAF lub NRAS, może być nominowana jako przypuszczalny onkogen inicjujący (Fig. Od S1 do S36 w Dodatkowym dodatku 1).
Nowotwory zstępujące zwykle zawierały dodatkowe mutacje, które nie były obecne w ich prekursorach i dlatego prawdopodobnie pojawiły się później i obejmowały mutacje, które przyczyniły się do postępu. W przykładowym przypadku czerniak (ryc. 1B) prawdopodobnie postępował po uzyskaniu wyłączającej mutacji przesunięcia ramki w supresorze guza ARID1A
[patrz też: long 4 lashes rzęsy, frezy do paznokci, long4lashes ]

Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian.

Przykładem tego jest pojęcie znamion dysplastycznych, które pozostało kontrowersyjne15. Wyjaśnienie kolejności zmian genetycznych prowadzących do pierwotnych czerniaków i powiązanie ich pojawienia się z określonymi etapami progresji pierwotnej zmiany chorobowej mogłoby dostarczyć biomarkerów, które poprawiłyby diagnozę i prognostykację, ponieważ takie biomarkery pozwoliłyby określić, jak dalece powstał dany nowotwór melanocytowy. Lepsze zrozumienie ewolucji genetycznej czerniaka może również wyjaśnić istnienie pośrednich uszkodzeń, ponieważ można by przypuszczać, że mają one więcej patogennych mutacji niż zmiany łagodne, ale mniej niż jednoznaczne czerniaki. Metody
Przypadki
Łącznie 37 nagromadzonych w formalinie, zatopionych w parafinie (FFPE) melanocytowych nowotworów, wzbogaconych o czerniaki z histologicznie różnymi prekursorami, zostały pobrane z archiwów Sekcji Dermatopatologii Uniwersytetu Kalifornijskiego w San Francisco; Szpital św. Jana w Londynie; i Szpital Uniwersytecki w Zurychu. W sumie 150 odrębnych obszarów zostało ręcznie zaszczepionych do sekwencjonowania (patrz Dodatek Dodatek 2, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu). Każdy obszar został niezależnie oceniony przez ośmiu dermatopatologów i pogrupowany w jedną z następujących kategorii histologicznych: łagodne, pośrednie, ale prawdopodobnie łagodne, pośrednie, ale prawdopodobnie złośliwe lub czerniak. (więcej…)

Genetyczna ewolucja czerniaka z prekursorowych zmian

Patogenne mutacje w czerniaku zostały w dużej mierze skatalogowane; jednak kolejność ich występowania nie jest znana. Metody
Sekwencjonowaliśmy 293 genów istotnych dla raka w 150 obszarach 37 pierwotnych czerniaków i ich sąsiadujących zmianach prekursorowych. Spektrum histopatologiczne tych obszarów obejmowało jednoznacznie łagodne zmiany chorobowe, zmiany pośrednie oraz śródnabłonkowe lub inwazyjne czerniaki.
Wyniki
Zmiany prekursorowe były inicjowane przez mutacje genów, o których wiadomo, że aktywują szlak kinazy białkowej aktywowany mitogenem. Jednoznacznie łagodne zmiany chorobowe dotyczyły wyłącznie mutacji BRAF V600E, natomiast te sklasyfikowane jako pośrednie zostały wzbogacone o mutacje NRAS i dodatkowe mutacje kierowcy. Łącznie 77% obszarów pośrednich uszkodzeń i czerniaków in situ zawierało mutacje promotora TERT, co wskazuje, że mutacje te są wybrane na nieoczekiwanym wczesnym etapie progresji nowotworowej. Bialleliczna inaktywacja CDKN2A pojawiła się wyłącznie w inwazyjnych czerniakach. (więcej…)

Powiązane tematy z artykułem: Laserowe usuwanie blizn pokrowce antyroztoczowe rezonans magnetyczny